Hijo de un tapicero de Carcassonne, pasó su infancia en Liumoux. Fue primero maestro de escuela, y quizás sacerdote (colgando rápidamente los hábitos), y entonces comediante de provincia, pero no consiguió ningún éxito en ese trabajo. Se lanzó entonces en la literatura.

Pretendió él mismo haber ganado un premio en los Juegos Florales de Toulouse por un soneto a la Virgen María (hacia 1772): ese premio consistía en una gavanza de oro. Entonces decidió llamarse Fabre d'Eglantine (Eglantine = gavanza en francés). Pero de hecho, la gavanza era un premio concedido para un discurso en prosa: ¿Fabre lo habrá ganado realmente?

A él se debe la famosa canción para niños « Il pleut, il pleut bergère… » (1780), al principio titulada « Retour des champs » (Vuelta de los campos).

La primera obra dramática que editó era una comedia en versos, titulada Les Gens de Lettres (ou le Bureau d'Esprit) (La Gente de Letra o la Oficina de Espíritu), y que fue representada en 1787. El mismo año, editó una tragedia, Augusta, y después Le Présomptueux (ou l'Heureux Imaginaire) (El presuntuoso o el Feliz Imaginario), L'intrigue Epistolaire (La intriga epistolar).
Llegado en París en 1790, escribió algunas comedias inspirándose de la actualidad política: Le Philinte de Molière ou la Suite du Misanthrope (El Filinte de Molière ou la Sequela del Misántrope) (1790) (considerada su mejor obra); L'Amour et l'Intérêt (El Amor y el Interés); Le Convalescent de Qualité (El Convaleciente de Calidad) (1791); Les Précepteurs () (1794). Esta última obra fue representada después de la muerte de Fabre d'Eglantine. Las dos anteriores nunca fueron representadas.

Amigo de Danton y Camille Desmoulins, fue presidente del Club des Cordeliers, y después secretario del Ministerio de Justicia y diputado de París a la Convención. Brillante orador, votó la muerte del rey, pidió como tantos otros las cabezas de los Girondins (los moderados), y lloró a Marat en un discurso que impresionó mucho.

Fue su nomenclatura la que se eligió para ilustrar el calendario republicano, en particular y sobre todo para los nombres de los meses.
Escribió acerca de su trabajo para el calendario:
"Hemos buscado como aprovechar la harmonía imitativa del idioma en la composición y la prosodia de esas palabras y en el mecanismo de sus desinencias: de tal manera que los nombres de los meses que componen el otoño tienen un sonido grave y una medida media, los del invierno tienen un sonido pesado y una medida larga, los de la primavera un sonido alegre y una medida breve, y los del verano un sonido sonoro y una medida larga."
El calendario quedó en las memorias solamente como un calendario cuyos meses tenían nombres poéticos y graciosos. Por esa razón Fabre d'Eglantine está considerado sin razón como siendo el padre del calendario, cuando la verdadera cantidad de trabajo, y hasta la idea del calendario son del matemático Gilbert Romme.

No se sabe si Fabre d'Eglantine fue abusado o realmente corrupto en el escándalo de la Compagnie des Indes. La cosa segura es que la Revolución había servido mucho para sus intereses y que había ganado una fortuna rápida.
Denunció el escándalo, seguramente para cobijarse, pero encontrado culpable de corrupción, fue condenado a muerte y ejecutado, el mismo día, el 16 de Germinal del año II (5 de abril de 1794). Los otros diputados comprometidos en el escándalo, Chabot et Basire, también fueron ejecutados, al mismo tiempo que Danton y sus amigos.
Se dice que sobre el cadalso, Fabre gritó a Fouquier-Tinville, el acusador público: "Harás caer mi cabeza, Fouquier, pero nunca mi Filinte."