Fils d’un petit drapier de Carcassonne, il passa son enfance à Limoux. Il fut tout d’abord instituteur, ou peut-être même prêtre (vite défroqué), puis comédien en province, mais n’obtint pas de succès dans ce métier. Il se lança alors dans la littérature.

Il prétendit lui-même avoir gagné un prix aux Jeux Floraux de Toulouse pour un sonnet à la Vierge Marie (vers 1772) : ce prix consistait en une églantine d’or. Il se fit dès lors appeler Fabre d’Eglantine. En fait, l’églantine était un prix décerné à un discours en prose : Fabre l’a-t-il vraiment gagnée ?

C’est à lui que l’on doit la célèbre comptine « Il pleut, il pleut bergère… » (1780), au départ intitulée « Retour des champs »

Le premier ouvrage dramatique qu’il fit paraître était une comédie en vers, intitulée Les Gens de Lettres (ou Le Bureau d’Esprit), et qui fut représentée en 1787. La même année, il fit paraître une tragédie, Augusta, puis Le Présomptueux (ou l’Heureux Imaginaire), L’Intrigue Epistolaire.
Arrivé à Paris en 1790, il y écrivit quelques comédies en s’inspirant de l’actualité politique : Le Philinte de Molière ou la Suite du Misanthrope (1790) (considérée comme sa meilleure œuvre) ; L’Amour et l’Intérêt ; Le Convalescent de Qualité (1791) ; Les Précepteurs (1794). Cette dernière pièce ne fut jouée qu’à titre posthume. Les deux précédents n’ont quant à elles jamais été représentées.

Ami de Danton et de Camille Desmoulins, il fut président du Club des Cordeliers, puis secrétaire du Ministère de la Justice et député de Paris à la Convention. Brillant orateur, il vota la mort du roi, demanda comme tant d’autres la têtes des Girondins (les modérés), et pleura Marat dans un discours qui fit grande impression.

C’est sa nomenclature qui fut retenue pour illustrer le calendrier républicain, en particulier et surtout pour les noms des mois.
Il écrivit au sujet de son travail pour le calendrier :
« Nous avons cherché à mettre à profit l’harmonie imitative de la langue dans la composition et la prosodie de ces mots et dans les mécanismes de leurs désinences : de telle manière que les noms des mois qui composent l’automne ont un son grave et une mesure moyenne, ceux de l’hiver un son lourd et une mesure longue, ceux du printemps un son gai et une mesure brève, et ceux de l’été un son sonore et une mesure large. »
Le calendrier n’est resté dans les mémoires que comme un calendrier aux noms de mois poétiques et rigolos. C’est pourquoi Fabre d’Eglantine est considéré, à tort, comme étant le père du calendrier, alors que la véritable somme de travail, et même l’idée du calendrier reviennent au mathématicien Gilbert Romme.

On ne sait pas vraiment si Fabre d’Eglantine fut abusé ou réellement corrompu dans le scandale de la Compagnie des Indes. Il est sûr en tous cas que la Révolution avait grandement servi ses intérêts et qu’il y avait acquis une fortune rapide.
Il dénonça le scandale, sans doute pour se mettre à l’abri, mais reconnu coupable de corruption, il fut condamné à mort et exécuté, le jour même, le 16 Germinal de l’an II (5 avril 1794). Les autres députés compromis dans le scandale, Chabot et Basire, furent eux aussi exécutés, en même temps que Danton et ses amis.
On raconte que sur l’échafaud, il s’écria à l’adresse de Fouquier-Tinville, l’accusateur public : « Tu peux faire tomber ma tête, Fouquier, mais non pas mon Philinte. »